Αποφοίτησε από την Ιατρική σχολή του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης και το 1984 ολοκλήρωσε την εξειδίκευσή του στη Μαιευτική – Γυναικολογία στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο της Αλεξανδρούπολης. Το ενδιαφέρον του για την υπογονιμότητα τον οδήγησε το 1985 στο Παρίσι, όπου επί ένα δίμηνο παρακολούθησε υστεροσκοπήσεις του J. Hamou, και στη συνέχεια, δούλεψε στο CNRS (Εθνικό Κέντρο Ερευνών της Γαλλίας),  ως συνεργαζόμενος ερευνητής σε θέματα υποδεκτικότητας του ενδομητρίου στο εργαστήριο του A. Psychoyos στο Ηopital Kremlin-Bicetre, από όπου και δημοσιεύθηκαν οι πρώτες διεθνείς εργασίες του σε θέματα που αφορούν στην εμφύτευση των εμβρύων. Η βασική εξειδίκευση του στα προβλήματα υπογονιμότητας και εξωσωματικής γονιμοποίησης πραγματοποιήθηκε στο Bordeaux της Γαλλίας όπου εργάσθηκε επί ένα χρόνο υπό τις οδηγίες των Alain Audebert και J.C.Emperaire. Ακολούθησε 6μηνη μετεκπαίδευση στο Βέλγιο στη μονάδα Ανδρολογίας και Εξωσωματικής Γονιμοποίησης του καθηγητή Robert Schoysman. 

Έκτοτε, επισκέφθηκε διάφορα πρωτοπόρα κέντρα εξωσωματικής γονιμοποίησης και το 1996 παρακολούθησε επί ένα χρόνο ως Fellowship τις εργασίες του τμήματος Reproductive Endocrinology του Πανεπιστημίου Yale υπό τη διεύθυνση των Professors Naftolin, D. Olive and E.Ε. Jones. Ο κύριος Γιάννης Πράπας παρουσιάζει διεθνές συγγραφικό και ερευνητικό έργο που αναφέρεται στην εμφύτευση των εμβρύων στο ενδομήτριο κατά τη διαδικασία εξωσωματικής γονιμοποίησης.